水的消毒是市政水處理領域中一個重要的環節。現有的市政水處理消毒技術主要包括以下幾種：
1.Cl以及氯制劑對水的消毒
利用Cl來對水進行消毒是至今仍被廣泛采用的一種方法，人們對于它消毒的原理也比較熟悉。采用氯對水進行消毒，主要就是通過其中HClO的氧化作用進行殺菌，因為次氯酸HClO是一個很小的中性分子，因此它能夠擴散到帶有負電的細菌的表面，然后穿透細菌的細胞壁進入到細菌的內部，發揮其氧化的作用對細菌內的酶系統進行破壞從而殺死細菌。
液氯，是一種有毒的，腐蝕性很強的化學物質，因此，在對其進行運輸或是貯藏及使用的過程當中，我們都必須要嚴格的管理，它通常情況下在比較大型的水處理廠中使用。氯制劑比起液氯來比較安全，但是漂白粉中有效的Cl很容易分解，造成使用的不方便性；NaClO不能夠貯藏，必須在現場使用，而且其產氣量也比較小，受到各方面的限制它的使用不是那么的普遍。Cl消毒能夠以較快的速度殺死水中存在的細菌，成本也不是很高，但是在Cl消毒的過程當中很容易產生一些有害的物質，這些經過氯化了的有機污染物，形成有機氯化物之后不僅使得水容易產生異味，而且這種污染物有毒并致癌，對人的生命安全造成威脅。

2.ClO2對水的消毒
ClO2是一種強氧化劑，它有很好的細胞壁吸附能力以及細胞壁的穿透能力，可以有效地快速地進入細菌內部對其酶系統進行破壞，從而達到快速殺菌的作用，因此運用ClO2對水進行消毒不失為一種理想的方法，它兼具了其它消毒劑的優點。因為ClO2是一種氧化劑，并不是氯化劑，因此，它與水中的很多有機物都不發生反應，如果反應也只是生成了氧化的產物，不會造成污染，ClO2的殺菌和消毒作用，要遠遠的超過運用Cl及氯化劑消毒。

3.運用O3對水進行消毒
O3消毒技術的應用，可以有效對水進行殺菌和消毒，因為其所產生的有害物質很少，同時能夠使水中溶解氧增加，實現水的脫色和去臭，能夠殺滅水中的藻類，也可以分解和氧化水中的Mn、洗滌劑、色素以及懸浮的顆粒和有機農藥，進而使得水質得到了大大的改善。運用O3進行消毒所要解決的主要問題就是其生產的設備比較龐大，生產的流程又比較復雜，對其運行和管理的水平要求也比較高，O3的制取生產率比較低，所消耗的電能也比較大，基礎建設投資大，成本比較高；除此之外，O3還是一種不穩定的氣體，很容易在水中分解。因此，單獨運用O3進行消毒很難保證持續性的殺菌消毒效果。

4.運用紫外線對水進行消毒
紫外線能夠改變核糖核苷酸和脫氧核糖核苷酸中含氮的物質，它可以在相鄰的核苷之間形成二聚物產生新鍵，通過這種作用就可以致使水中的微生物不能夠實現自我的復制，從而達到了消毒的目的。因此，運用紫外線對水進行消毒既方便又快捷。但是其消毒的效果卻受到多方面因素的影響，消毒之后的水還應該進行必要的預處理。運用紫外線消毒技術的優點比較突出，尤其是在水量較小的情況下能夠充分的發揮其優勢，即用低劑量在較短的時間內就能夠殺滅水中的細菌。紫外線消毒設備安裝比較容易，其管理和運行又都非常的方便，更重要的是運用紫外線進行水處理是一種物理處理，不會向水中增添新的物質，消毒后的水中也不會產生有毒副作用的產物。而病毒的本身抵抗紫外線的能力很弱，如果病毒通過宿主的保護之后就增強了病毒抵抗紫外線的能力，因此，運用紫外線對水進行消毒也要進行預處理，也不能夠保證持續性的殺菌消毒的效果。

新型的市政水處理消毒技術：
a)進行生物消毒。隨著生物科技的發展，具有生態環保作用的生物消毒技術在進行水消毒的過程中也被廣泛的應用。在自然環境中有一部分生物分泌出的物質既能夠殺菌消毒同時還能起到環保的作用。人們很早就發現了這一現象并且很早就利用這些生物以及他們的代謝產物進行消毒，從而形成了生物消毒法。那么傳統的生物消毒方法是直接的運用生物個體進行消毒，其過程比較緩慢，消毒的效果也不是十分確定，消毒率低，其應用不能達到規模化的水準，同時也不能滿足現代水處理消毒的要求。但是之后人們從生物體中提取出了具有消毒作用的活性物質，便使得生物消毒技術能夠大規模的運用在市政水處理消毒上面，其前景比較廣闊；

b)運用光催化進行消毒。運用光催化消毒的原理：因為當光照射在光的催化劑表面上時，就會生成空穴和電子，電子又具有氧化還原的能力，與空氣中的水反應生成過氧化氫。而空穴和水反應時，又會生成一種活性氧。那么細菌一旦接觸到了經過光催化后的水的表面，就會在氧化還原的作用下被殺滅；

c)運用電場進行消毒。電場消毒有三種具有消毒作用的因素，一種就是在水通過電場的時候所產生的一些強氧化劑；另一種是水本身產生了一種氧化性非常強的但是存在時間非常短暫的自由基；還有就是電場的本身對細菌的細胞具有的破壞作用。電場消毒這三種消毒因素的存在使得消毒整個過程都變得快速簡單。